年薪制计算个税的方法：用个人年终兑现年薪比照全年一次性奖金的规定计算缴纳个人所得税，本质上指的就是个人平时取得生活费或者部分工资，应按月依照工资、薪金所得计算缴纳个人所得税。于年终兑现补差部分，首先按照兑现的补差部分除以12个月。
再按其商数确定适用税率和速算扣除数(如果在发放年薪的当月，雇员当月工资薪金所得低于税法规定的费用扣除额，应将发生的年薪减除“雇员当月工资薪金所得与费用扣除额的差额”后的余额确定适用税率和速算扣除数)。
然后将年终兑现的年薪部分单独作为一个月的工资薪金计算个人所得税：如果雇员当月工资薪金所得高于(或等于)税法规定的费用扣除额的，应纳税额=雇员当月兑现的年薪×适用税率-速算扣除数;如果雇员当月工资薪金所得低于税法规定的费用扣除额的，应纳税额=(雇员当月兑现的年薪-雇员当月工资薪金所得与费用扣除额的差额)×适用税率-速算扣除数。
实行年薪制单位，在一个纳税年度内，对每一个纳税人，该计税办法只允许采用一次。如果分次发放年薪的，则只能允许选择一次按照上述规定计算个人所得税，对其他月份发放的年薪，一律与当月工资、薪金收入合并，按税法规定缴纳个人所得税。